Herramientas para la enseñanza de la visualización y diseño molecular de metabolitos y macromoléculas

Autores/as

  • Walter Josué Hernández Santos Universidad del Papaloapan
  • Blanca Estela Barrera Figueroa Universidad del Papaloapan
  • Francisco Noé Mendoza Universidad del Papaloapan
  • Julián Mario Peña Castro Universidad del Papaloapan

DOI:

https://doi.org/10.33064/iycuaa201771599

Palabras clave:

PyMOL, Marvin, proteínas, enzimas, ácidos nucleicos

Resumen

La visualización digital de moléculas y macromoléculas de los sistemas biológicos se utiliza de forma profesional en publicaciones e investigaciones científicas para describir sus propiedades químicas y físicas
en tres dimensiones. En el aula, estas herramientas pueden facilitar al estudiante la comprensión de conceptos complejos de la estructura molecular en química y biología. En este trabajo se reporta un
curso de visualización molecular digital, su manual (UNPA, s. f.) y una estrategia de implementación dirigida
a —y probada con— docentes de nivel medio-superior. Con el uso de paquetes de cómputo y bases de datos profesionales de libre acceso o mediante licencias académicas, se logró ilustrar diversos conceptos de química y biología que se enseñan en los programas educativos de los profesores asistentes. Adicionalmente, mediante una estrategia de investigación, los docentes lograron planear, desarrollar
y exponer imágenes autogeneradas de diferentes biomoléculas de su interés y útiles para su práctica docente.

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Biografía del autor/a

Walter Josué Hernández Santos, Universidad del Papaloapan

Laboratorio de Biotecnología Vegetal, Instituto de Biotecnología, Universidad del Papaloapan. Av. Circuito Central 200, Colonia Parque Industrial, C. P. 68301, San Juan Bautista Tuxtepec, Oaxaca, México

Blanca Estela Barrera Figueroa, Universidad del Papaloapan

Laboratorio de Biotecnología Vegetal, Instituto de Biotecnología, Universidad del Papaloapan. Av. Circuito Central 200, Colonia Parque Industrial, C. P. 68301, San Juan Bautista Tuxtepec, Oaxaca, México

Francisco Noé Mendoza, Universidad del Papaloapan

Laboratorio de Química Teórica, Instituto de Química Aplicada, Universidad del Papaloapan. Av. Circuito Central 200, Colonia Parque Industrial, C. P. 68301, San Juan Bautista Tuxtepec, Oaxaca, México.

Julián Mario Peña Castro, Universidad del Papaloapan

Laboratorio de Biotecnología Vegetal, Instituto de Biotecnología, Universidad del Papaloapan. Av. Circuito Central 200, Colonia Parque Industrial, C. P. 68301, San Juan Bautista Tuxtepec, Oaxaca, México

Citas

Badotti, F., Barbosa, A. S., Reis, A. L. M., do Valle, I. F., Ambrósio,

L., & Bitar, M. (2014). Comparative modeling of proteins: A

method for engaging students’ interest in bioinformatics tools.

Biochemistry and Molecular Biology Education, 42(1), 68-78.

doi: 10.1002/bmb.20721

Berman, H. M., Westbrook, J., Feng, Z., Gilliland, G., Bhat,

T. N., Weissig, H., ... Bourne, P. E. (2000). The Protein Data

Bank. Nucleic Acids Research, 28(1), 235-242. doi: 10.1093/

nar/28.1.235

ChemAxon LTD. (s. f.). Download Marvin Suite (software).

Recuperado de http://www.chemaxon.com/download/

Marvin-suite/#mbeans

DeLano, W. L., & Bromberg, S. (2004). PyMOL user’s guide.

Recuperado de pymol.sourceforge.net/newman/userman.

pdf

Fersht, A. (1999). Structure and mechanism in protein science:

a guide to enzyme catalysis and protein folding. (2nd ed.).

New York, US: W. H. Freeman and Company. Recuperado de

http://www.fersht.com/Structure.html

Gonçalves de Almeida, V. M. (2012). Ferramentas para

visualização de biomoléculas (PyMoL). Recuperado de www.

lbs.dcc.ufmg.br/cvbioinfo/material/PYMOL.pdf

Hernández-Santos, W. J., Mendoza, N., Barrera-Figueroa, B. E.,

& Peña-Castro, J. M. (2016). Visualización de biomoléculas con

herramientas computacionales [Manual]. Oaxaca, México:

Universidad del Papaloapan. Recuperado de http://www.

unpa.edu.mx/~julianpc/manual_molecular/manual_PyMol_

Marvin_ISBN.pdf

Marvin (Versión 16.3.21) [Software de computación]. Budapest,

Hungary: ChemAxon.

National Center for Biotechnology Information. (s. f.). [Base de

datos]. Recuperado de www.ncbi.nlm.nih.gov

Peña-Castro, J. M., Gregorio-Ramírez, O., & Barrera-Figueroa, B.

E. (2013). Los métodos experimentales que permiten el estudio

de las macromoléculas de la vida: historia, fundamentos y

perspectivas. Educación Química, 24(2), 237-246. doi: 10.1016/

S0187-893X(13)72468-6

RCSB PDB-101 (Educational portal of PDB). (s. f.). Molecular

explorations through biology and medicine [Portal].

Recuperado de https://pdb101.rcsb.org/

Reyes-Trejo, L. J. (2013). Taller Introducción al modelado

molecular. México: UNAM. Recuperado de http://depa.

fquim.unam.mx/amyd/archivero/Taller_de_Spartan_24109.

pdf

Sánchez-Murcia, P. A., & Gago-Badenas, F. (2016). Breve

introducción al programa de gráficos moleculares PyMOL.

España: Universidad de Alcalá. Recuperado de http://www3.

uah.es/farmamol/Public/PDF_files/ManualPyMOL.pdf

Schrödinger LLC. (s. f.). Registration for educational-useonly

PyMOL builds [Formulario de registro]. Schrödinger LLC.

Recuperado de http://PyMOL.org/edu

Scopus (s. f.). Document search [Base de datos]. Recuperado

de https://www.scopus.com/home.uri

Survey Monkey (2017). [Portal de encuestas en línea].

Recuperado de https://es.surveymonkey.com/

Universidad del Papaloapan. (s. f.). Index of /~julianpc/

manual_molecular [Base de datos]. Recuperado de http://

www.unpa.edu.mx/~julianpc/manual_molecular/

Vázquez-Contreras, E. (2015). El uso de visualizadores

moleculares en la enseñanza de la bioquímica en la UAM

Cuajimalpa. En C. R. Jaimez-González, K. S. Miranda-Campos,

M. Moranchel-Pocaterra, E. Vázquez-Contreras, & F. Vázquez-

Vela (Eds.), Innovación educativa y apropiación tecnológica:

experiencias docentes con el uso de las TIC (pp. 193-212).

México: Universidad Autónoma Metropolitana.

Web of Science (2017). [Base de datos]. Recuperado de

webofknowledge.com

White, B., Kahriman, A., Luberice, L., & Idleh, F. (2010). Evaluation

of software for introducing protein structure: Visualization and

simulation. Biochemistry and Molecular Biology Education,

(5), 284-289. doi: 10.1002/bmb.20410

Worldwide Protein Data Bank. (s. f.). [Portal electrónico].

Recuperado de http://www.pdb.org

Yang, J., Yan, R., Roy, A., Xu, D., Poisson, J., & Zhang, Y. (2014).

The I-TASSER Suite: protein structure and function prediction.

Nature Methods, 12, 7-8. doi: 10.1038/nmeth.3213

Zhang LAB (2017). I-TASSER protein structure & function

predictions [Portal de servidor]. MI, US: Zhang Lab. Recuperado

de http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/

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Publicado

2017-08-31

Número

Sección

Artículos de Investigación

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