Herramientas para la enseñanza de la visualización y diseño molecular de metabolitos y macromoléculas
DOI:
https://doi.org/10.33064/iycuaa201771599Palabras clave:
PyMOL, Marvin, proteínas, enzimas, ácidos nucleicosResumen
La visualización digital de moléculas y macromoléculas de los sistemas biológicos se utiliza de forma profesional en publicaciones e investigaciones científicas para describir sus propiedades químicas y físicas
en tres dimensiones. En el aula, estas herramientas pueden facilitar al estudiante la comprensión de conceptos complejos de la estructura molecular en química y biología. En este trabajo se reporta un
curso de visualización molecular digital, su manual (UNPA, s. f.) y una estrategia de implementación dirigida
a —y probada con— docentes de nivel medio-superior. Con el uso de paquetes de cómputo y bases de datos profesionales de libre acceso o mediante licencias académicas, se logró ilustrar diversos conceptos de química y biología que se enseñan en los programas educativos de los profesores asistentes. Adicionalmente, mediante una estrategia de investigación, los docentes lograron planear, desarrollar
y exponer imágenes autogeneradas de diferentes biomoléculas de su interés y útiles para su práctica docente.
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Badotti, F., Barbosa, A. S., Reis, A. L. M., do Valle, I. F., Ambrósio,
L., & Bitar, M. (2014). Comparative modeling of proteins: A
method for engaging students’ interest in bioinformatics tools.
Biochemistry and Molecular Biology Education, 42(1), 68-78.
doi: 10.1002/bmb.20721
Berman, H. M., Westbrook, J., Feng, Z., Gilliland, G., Bhat,
T. N., Weissig, H., ... Bourne, P. E. (2000). The Protein Data
Bank. Nucleic Acids Research, 28(1), 235-242. doi: 10.1093/
nar/28.1.235
ChemAxon LTD. (s. f.). Download Marvin Suite (software).
Recuperado de http://www.chemaxon.com/download/
Marvin-suite/#mbeans
DeLano, W. L., & Bromberg, S. (2004). PyMOL user’s guide.
Recuperado de pymol.sourceforge.net/newman/userman.
Fersht, A. (1999). Structure and mechanism in protein science:
a guide to enzyme catalysis and protein folding. (2nd ed.).
New York, US: W. H. Freeman and Company. Recuperado de
http://www.fersht.com/Structure.html
Gonçalves de Almeida, V. M. (2012). Ferramentas para
visualização de biomoléculas (PyMoL). Recuperado de www.
lbs.dcc.ufmg.br/cvbioinfo/material/PYMOL.pdf
Hernández-Santos, W. J., Mendoza, N., Barrera-Figueroa, B. E.,
& Peña-Castro, J. M. (2016). Visualización de biomoléculas con
herramientas computacionales [Manual]. Oaxaca, México:
Universidad del Papaloapan. Recuperado de http://www.
unpa.edu.mx/~julianpc/manual_molecular/manual_PyMol_
Marvin_ISBN.pdf
Marvin (Versión 16.3.21) [Software de computación]. Budapest,
Hungary: ChemAxon.
National Center for Biotechnology Information. (s. f.). [Base de
datos]. Recuperado de www.ncbi.nlm.nih.gov
Peña-Castro, J. M., Gregorio-Ramírez, O., & Barrera-Figueroa, B.
E. (2013). Los métodos experimentales que permiten el estudio
de las macromoléculas de la vida: historia, fundamentos y
perspectivas. Educación Química, 24(2), 237-246. doi: 10.1016/
S0187-893X(13)72468-6
RCSB PDB-101 (Educational portal of PDB). (s. f.). Molecular
explorations through biology and medicine [Portal].
Recuperado de https://pdb101.rcsb.org/
Reyes-Trejo, L. J. (2013). Taller Introducción al modelado
molecular. México: UNAM. Recuperado de http://depa.
fquim.unam.mx/amyd/archivero/Taller_de_Spartan_24109.
Sánchez-Murcia, P. A., & Gago-Badenas, F. (2016). Breve
introducción al programa de gráficos moleculares PyMOL.
España: Universidad de Alcalá. Recuperado de http://www3.
uah.es/farmamol/Public/PDF_files/ManualPyMOL.pdf
Schrödinger LLC. (s. f.). Registration for educational-useonly
PyMOL builds [Formulario de registro]. Schrödinger LLC.
Recuperado de http://PyMOL.org/edu
Scopus (s. f.). Document search [Base de datos]. Recuperado
de https://www.scopus.com/home.uri
Survey Monkey (2017). [Portal de encuestas en línea].
Recuperado de https://es.surveymonkey.com/
Universidad del Papaloapan. (s. f.). Index of /~julianpc/
manual_molecular [Base de datos]. Recuperado de http://
www.unpa.edu.mx/~julianpc/manual_molecular/
Vázquez-Contreras, E. (2015). El uso de visualizadores
moleculares en la enseñanza de la bioquímica en la UAM
Cuajimalpa. En C. R. Jaimez-González, K. S. Miranda-Campos,
M. Moranchel-Pocaterra, E. Vázquez-Contreras, & F. Vázquez-
Vela (Eds.), Innovación educativa y apropiación tecnológica:
experiencias docentes con el uso de las TIC (pp. 193-212).
México: Universidad Autónoma Metropolitana.
Web of Science (2017). [Base de datos]. Recuperado de
webofknowledge.com
White, B., Kahriman, A., Luberice, L., & Idleh, F. (2010). Evaluation
of software for introducing protein structure: Visualization and
simulation. Biochemistry and Molecular Biology Education,
(5), 284-289. doi: 10.1002/bmb.20410
Worldwide Protein Data Bank. (s. f.). [Portal electrónico].
Recuperado de http://www.pdb.org
Yang, J., Yan, R., Roy, A., Xu, D., Poisson, J., & Zhang, Y. (2014).
The I-TASSER Suite: protein structure and function prediction.
Nature Methods, 12, 7-8. doi: 10.1038/nmeth.3213
Zhang LAB (2017). I-TASSER protein structure & function
predictions [Portal de servidor]. MI, US: Zhang Lab. Recuperado
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